استمرت القدس في أمان واستقرار تحت الحكم الطولوني منذ تولى الحكم أحمد بن طولون حتى انتهاء عصر الدولة الطولونية ثم الدولة الإخشيدية.. ثم وقعت المدينة تحت حكم الفاطميين حيث احتل القائد جوهر الصقلي فلسطين عام 969 هـ
إلا أن هؤلاء الحكام الفاطميين الذين تبنوا المذهب الشيعي عملوا على تقريب اليهود والنصارى في فلسطين وتزوجوا منهم واتخذوا منهم الوزراء والمستشارين والأطباء..وفي عهد الخليفة الظاهر والمستنصر أبرمت المعاهدات بين الدولة الفاطمية والدولة الروسية النصرانية وأدى هذا إلى رواج وانتعاش الوجود النصراني في مدينة القدس، وفتح ذلك أعين النصارى على الاستيلاء على هذه المدينة فيما بعد.. فكانت الحروب الصليبية.